叙卷一·琼瑶神书天部宋徽宗皇帝崇宁五年琼瑶真人一书手法序一琼瑶真人用升阳升阴气上气下之手法讲论歌二琼瑶标本运气歌三琼瑶辨十二经水火分治法四宋徽宗崇宁皇帝论五论手足阴阳流注篇六络脉传注周流不息七琼瑶真人
序一序二序三总论伤寒热病总论验舌色论验口唇论验二便论辨脉论南北方宜发表不同论南北方宜清里相同论三阴经热病论三阴经寒病论阴症似阳论阳症似阴论宜发表论忌发表论宜清里论忌清里论宜和解论忌和解论宜吐法论忌吐法
尚论篇
简介自序凡例卷首卷一卷二卷三卷四卷五卷六卷七卷八卷九卷十卷十一卷十二卷十三卷十四卷十五卷十六
养性延命录教诫篇第一食诫篇第二杂诫忌禳害祈善篇第三服气疗病篇第四导引按摩篇第五御女损益篇第六西山群仙会真记序识道识法识人识时识物养生养形养气养心养寿补内补气补精补益补损真水火真龙虎真丹药真铅汞真阴阳炼
自序再自序合论诸书之得失以示初学之从违（四条）论读医书之难论诊病须知四诊论《景岳全书》论金匮肾气汤论倪涵初先生疟痢三方附录王子圣大归芍汤张洁古芍药汤附论噤口痢论吴又可《温疫论》（四条）论时邪论初诊用药
第1部分第2部分
金疮赋按脉论行拳法分轻重论打人论总论秘授跌打损伤要诀金枪论接骨诸方金枪不治症又接骨议论方
弁言序调经门总论精血论养血论调气论辨色论多少论先期后期论居经论泄泻论身痛论痛经论经漏论不利论过期论经闭论枯血论血劳论血崩论痰气污血论杀血心痛论带下论白浊白淫论虚劳门冷劳热劳骨蒸劳血风劳胎前门总论胎前调
原序凡例前编/分野一、〔巅顶〕二、〔头〕三、〔囟〕四、〔额〕五、〔头角〕六、〔枕骨〕七、〔颁〕八、〔HT〕九、〔面〕十、〔眉〕十一、〔目〕十二、〔目睛〕十三、〔瞳子〕十四、〔目眶〕十五、〔目内〕十六、