自序卷之一·治法通论卷之一·调经门经候总论经闭血崩赤白带下白浊白淫卷之二·杂症门上（杂证男女一也。此二卷方论，出女科书，多杂病书所遗，故存之耳。）虚劳客热寒热恶寒中风飞尸血厥螈颤振惊悸颠狂血风烦闷血风
序自叙卷一朝廷对于医者之医方卷二世界对于医者之医方卷三医者自医之医方
简介序凡例卷一卷二卷三卷四卷五卷六
石山医案
鬼门十三针
自序序论脏象论经络次序论经络浅深论奇经八脉论总论宗气论营气论卫气论脉诀论病因论中风论八风论轻重论寒热论证候论风脉论治法论药饵附案
上品卷第一玉屑玉泉丹砂水银空青曾青白青扁青石胆云母朴硝硝石矾石芒硝滑石紫石英白石英青石脂赤石脂黄石脂白石脂黑石脂太一禹余粮禹余粮青玉白玉髓璧玉合玉石陵石碧石青五羽石石流青石流赤六芝赤箭龙眼猪苓茯苓茯神
叙凡例补益之剂（十首、附方七）四君子汤升阳益胃黄鳖甲秦艽鳖甲秦艽扶羸汤紫菀汤百合固金补肺阿胶小建中汤益气聪明汤发表之剂（十四首、附方八）麻黄汤桂枝汤大青龙汤小青龙汤葛根汤升麻葛根汤九味羌活十神汤神术散
叙正文跋
神农尝百草论亢则害承乃制论四气所伤论张仲景伤寒立法考伤寒温病热病说伤寒三阴病或寒或热辨阳虚阴盛阳盛阴虚论伤寒三百九十七法辨伤寒四逆厥辨呕吐干呕哕咳逆辨中风辨中暑中热辨积热沉寒论泻南方补北方论五郁论二阳