卷第一叙论太阳证阳明证少阳证太阴证少阴证厥阴证两感证三阴三阳传病证卷第二可发汗证不可发汗证四逆证和表证可下证（血证附）不可下证可水不可水证可吐不可吐证可灸不可灸证可火不可火证可温证火邪证卷第三结胸证心
第1部分第2部分第3部分第4部分第5部分
序卷上发热恶寒恶风寒热潮热自汗盗汗头汗手足汗无汗头痛项强头眩胸胁满心下满腹满少腹满烦热虚烦烦躁懊舌上苔衄血哕咳卷中喘呕吐悸渴振战栗四逆厥郑声谵语短气摇头螈不仁直视郁冒动气自利筋惕肉热入血室发黄发狂霍乱
总论时气（天时一）阴阳（天时二）地利（地利一）基址（地利二）十机（人事一）附∶小产论蓄外家（人事二）药食（论方）饮食（戒饮）男病（疾病一）女病（疾病二）附：衍庆编调经至言辨古续篇大意干道（蓄德一）坤道
序凡例上品丹砂云母石钟乳矾石朴硝滑石禹余粮紫石英五石脂扁青菖蒲菊花甘草干地黄术菟丝子牛膝柴胡麦门冬车前子木香薏苡仁泽泻龙胆细辛石斛蓍实黄连黄肉苁蓉防风续断决明子丹参五味子蛇床子沙参菌桂松脂槐实柏实茯苓
序一序二备急灸法屈指量法例诸发等证肠痈疔疮附骨疽皮肤中毒风卒暴心痛转胞小便不通霍乱霍乱转筋风牙疼精魅鬼神所淫夜魇不寤卒忤死法溺水自缢急喉痹鼻衄妇人难生小肠气一切蛇伤治犬咬治狂犬所咬点灸法下火法用火法候
医巫闾子医贯序卷之一玄元肤论内经十二官论阴阳论五行论论五行各有五卷之二主客辨疑中风论王安道中风辨口眼 斜厥伤寒论温病论郁病论卷之三绛雪丹书血症论附方卷之四先天要论（上）八味丸方张仲景八味丸用泽泻论水火
茧唇一口疮二齿痛三舌症四喉痹诸症五喉痛六诸骨稻谷发鲠七治诸鲠咒法八误吞水蛭九诸虫入耳十蛇入七窍及虫咬伤十一男女体气十二附方并注
序总述修养宜行外功第一合行外功诀十二段锦歌八段杂锦歌擦面美颜诀六字治脏诀六字行功根据式样歌六字行功应时候歌六字行功各效验歌修养宜内联功第二修养宜宝精宝气宝神第三总论精气神精气神全神语一字安心之要修养宜
卷一中风总括中风死候类中风总括伤风总括痉病总括痉病死证破伤风痹病总括周痹痹病生死证痹入脏腑证痿病总括痿痹辨似痿病治法香港脚总括香港脚死证卷二内伤总括内伤外感辨似虚劳总括虚劳死证虚劳治法痨瘵总括痨瘵治法