序卷上一、道生二、阴阳六十四卦、方圆二图三、色诊四、脉诊五、藏象卷下一、经络二、治则三、病能
例言张聿青先生传卷一中风风温卷二湿温温疫说（补）卷三伏暑疟诸寒热霍乱丹痧卷四虚损内伤劳倦卷五咳嗽肺痿肺痈喘卷六吐血衄血蓄血便血溲血卷七痰饮痰湿痰气气郁卷八肝火肝阳肝风眩晕痉厥痰火卷九头痛脘痛胸胁痛腹痛
自叙凡例卷一总论察色听声脉法脉应杂病看虎口三关法小儿指形图（十五幅）（图缺）初生诸病胎惊胎痫胎风胎黄胎寒胎热撮口鹅口（一名噤口风．又名雪口．）脐风脐湿肿脐疮脐突惊风惊搐由脏腑惊搐痫痉不同伤风伤食发搐惊
曹序自序序例卷之一·阴阳脏腑部阴阳五脏卷之二·阴阳脏腑部诊法通论诊虚实法、诊寒热法（俱入治法）诊病传变（诊病将死期入诊生死条）诊病愈剧诊生死诸脉诊病杂法诊一岁病证相同卷之三·阴阳脏腑部治法通论倒仓法药
卷之一周身经穴赋十二经脉歌十二经本一脉歌经穴起止歌十五脉络歌经脉气血多少歌禁针穴歌禁灸穴歌血忌歌逐日人神歌九宫尻神歌太乙人神歌孙思邈先生针十三鬼穴歌长桑君天星秘诀歌马丹阳天星十二穴并治杂病歌四总穴歌千
制药法调经论胎前论胎前诸症胎前门主方加减活法胎前方诀产后产后门主方加减（载后）产后方诀万病回生丹治产后十八症乌金散治产后十八症黑虎丹治产后血症垂死者即生
本草纲目别名录
序卷上形诊总义身形内应脏腑部位篇身形内应脏腑病证篇卷上形诊生形类三人篇阳人阴人篇五人篇二十五人篇三阳上下气血多少形状篇辨皮色不胜四时之风篇辨寿夭肥瘦勇怯忍痛不忍痛胜毒不胜毒形状篇辨善病风厥消瘅寒热痹积
序卷上辩血辩气辩两肾辩三焦辩包络辩督脉辩脏腑阴阳辩九窍辩七门春伤于风夏生飧泄，秋伤于湿冬生咳嗽冬伤于寒春必病温，夏伤于暑秋必疟亢则害承乃制制则生化上部有脉下部无脉，其人当吐不吐者死东方实西方虚，泻南方
明堂灸经