自序原病篇卷一·上焦篇风温、温热、温疫、温毒、冬温暑温伏暑湿温、寒湿温疟秋燥补秋燥胜气论卷二·中焦篇风温、温热、温疫、温毒、冬温暑温、伏暑寒湿湿温秋燥卷三·下焦篇风温、温热、温疫、温毒、冬温暑温、伏暑
卷一月经前期论（一）月经后期论（二）月经或前或后（三）卷二脉法辨孕男女脉法歌调经经闭崩漏赤白带安胎漏胎胎痛恶阻胎肿子烦子痫子悬子淋胎死上喘胎衣不下产后寒热产后血晕产后腹痛阴户脱卷三调经种子崩漏论赤白带
序卷一总赋寒性热性温性平性用药发明标本论用药法药性升降浮沉补泻法五脏所欲五脏所苦五气凑五脏例五行五色五味走五脏主禁例手足三阳表里引经主治例诸药泻诸经之火邪诸药相反例十八反歌十九畏歌六陈歌五脏补泻主治例
孙序卷一三吴治验万历龙飞二年吴小峰小川目疾万历甲戌沈中丞案张孝廉后渠大头疫吴江孙行人痛风（有发明）郑都谏公子痘（有发明）张文学子心病虚弱（有发明）大宗伯董浔阳翁脾胃疾（有发明）董龙山夫人便血马厨疟痢并
伤寒心要论附方【寒】第一双解散【寒】第二小柴胡凉膈天水合服【寒】第四大柴胡合黄连解毒汤【寒】第五大柴胡合三一承气汤【寒】第七瓜蒂散【风】第十一白虎汤【暑】第十四五苓散合天水散【结胸】第二十大小陷胸汤丸
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订正仲景全书伤寒杂病论 原序订正仲景全书伤寒论注辨太阳病脉证并治上篇桂枝汤方桂枝加附子汤方白虎加人参汤方调胃承气汤方五苓散方麻黄杏仁甘草石膏汤方十枣汤方桂枝人参汤方葛根黄芩黄连汤方桂枝去芍药汤方桂枝去
序一序二序三卷一卷二卷三疹痧疹附录吴山散记小引吴山散记
严氏济生方
序一序二序三总论伤寒热病总论验舌色论验口唇论验二便论辨脉论南北方宜发表不同论南北方宜清里相同论三阴经热病论三阴经寒病论阴症似阳论阳症似阴论宜发表论忌发表论宜清里论忌清里论宜和解论忌和解论宜吐法论忌吐法