卷一外治法手法总论手法释义器具总论经义击仆损伤应刺诸穴经义恶血已留复因怒伤肝经义击仆伤后入房伤脾经义击仆损伤脉色经义《灵枢经》骨度尺寸补遗卷二头面部巅顶骨囟骨山角骨凌云骨睛明骨两颧骨鼻梁骨中血堂唇口玉
濒湖炮炙法
吴序尤序薛序卷上卷下纳音释义静观居士云游疏
序题辞凡例总论第一延医法论第二表论第三里论第四寒论第五热论第六虚论第七实论第八辨惊风之误论第九不可饿论第十治痘论第十一治疹论第十二
叙上卷一、太极图抄引二、太极图（图缺）三、太极图说四、不知《易》者不足以言太医论五、问三才所同者于人身何以见之六、命门图说（图缺）七、右肾水火辩九、《难经正义》三焦评附：东垣三焦论十、问诊三焦包络十一
咽喉秘集
黄帝素问宣明论方
凡例上编上编卷一·补剂温中人参黄当归白术龙眼大枣荔枝饴糖鸡肉牛肉鲫鱼蜜平补葳蕤黄精甘草桑寄生柏子仁冬青合欢陈仓米山药扁豆鸭肉鸽肉阿胶羊肉燕窝蜡补火附子仙茅胡芦巴淫羊藿蛇床子远志肉桂沉香石硫黄阳起石石钟
序一序二序三序四凡例十六则劝医六则七方论十剂论辟陶隐居十剂内增入寒热二剂论辟缪仲醇十剂内增升降二剂论卷之一（宫集）人参黄芪甘草白术苍术熟地生地当归牛膝远志石菖蒲卷之二（商集）天门冬麦门冬五味子菟丝子甘
孙序卷一三吴治验万历龙飞二年吴小峰小川目疾万历甲戌沈中丞案张孝廉后渠大头疫吴江孙行人痛风（有发明）郑都谏公子痘（有发明）张文学子心病虚弱（有发明）大宗伯董浔阳翁脾胃疾（有发明）董龙山夫人便血马厨疟痢并